笔者认为，对医疗合同的不当履行是导致医疗纠纷的原因。对医疗合同的不当履行分为医疗服务提供者的不当履行和就医者的不当履行。对医疗服务提供者而言，在不当履行行为造成患者不当损害的情况下，从违约责任看，医疗服务人在履行其法定或约定义务中有违约行为，应承担违约责任；从侵权责任看，医疗服务人侵害了就医者的人身权及其带来的财产损失，理应承担侵权损害赔偿责任。对就医者而言，就医者的不当行为也有可能构成违约，如拒绝接受治疗、拒付医疗费用等，或者是因损害财物而构成侵权。可见，医疗服务合同关系是一种基础法律关系，是医疗纠纷发生与存在的前提与条件。换句话说，医疗纠纷是医疗法律关系的非常态。除因医疗合同义务履行不当而可能引发医疗纠纷外，也可能因医疗服务合同中的先合同义务、附随义务、后合同义务而引发医疗纠纷。
有人将引发医疗纠纷的原因与事实概括地称为“医疗缺陷”。如何颂岳认为医疗缺陷是医疗纠纷发生的根本原因；根据医疗缺陷的发生原因，可以将医疗缺陷分为医疗服务质量缺陷、技术缺陷和管理缺陷三方面。依何颂跃的观点，所谓医疗缺陷，是指医疗服务人在提供服务的活动中，由于在医疗体制、管理体系以及服务质量、技术操作方面存在的欠缺、不完善因素而导致医疗损害及误解的事实。它包含四层含义：1、医疗缺陷是已经出现的事实，并且是一个可以引起民事法律纠纷或行政法律纠纷的事实。2、医疗缺陷出现的原因存在主观和客观的因素。3、医疗缺陷的结果主要导致医疗损害和误解的发生。4、医疗缺陷出现在医疗服务的全过程，而不是单纯诊疗护理服务的过程。
笔者基本认同“医疗缺陷”这一概念，也认为医疗缺陷是引发医疗纠纷的根本原因。但是要说明的是，“医疗缺陷”与医疗服务合同的“不当履行行为”是有区别的：其一、从行为主体来看，“不当履行行为”的主体除医疗服务人外，就医者也可能存在不当履行行为；而“医疗缺陷”作为一种事实只能由医疗服务人的行为引起。其二、很多情形下，医疗服务提供者的不当履行行为本身就是一种医疗缺陷，如对危急病人拒绝诊治行为、乱开处方行为。其三、有时医疗服务提供者的不当履行行为又成为导致医疗缺陷结果出现的原因之一，如因手术方式选择不当导致器官不当损伤。
但是，考虑到社会生活实际中，医疗纠纷的发生多由医疗方导致，医疗缺陷在外延上又比医疗服务提供者的不当履行行为宽泛，因此笔者采用“医疗缺陷”这一概念，并在本文的以下部分作为研究重点。